La característica principal del medi natural de Menorca és la diversitat ambiental existent en tan sols 700 quilòmetres quadrats d'extensió. Així, l'illa ofereix la possibilitat de trobar una representació de quasi tots els hàbitats propis del Mediterrani. Els hàbitats més destacats són els barrancs, les coves, les zones humides integrades per basses, llacunes i maresmes, els sistemes dunars, les costes i els illots.

Els barrancs del sud de l'illa
Un dels aspectes paisatgístics i geomorfològics més importants de la regió de migjorn són els nombrosos barrancs que la creuen en direcció a la línia de costa, seguint un traçat sinuós. Aquests barrancs ofereixen paisatges espectaculars i concentren una flora i una fauna abundants i variades, amb 220 espècies, de les quals 26 són endèmiques.

Podem comptabilitzar un total de 35 o 40 barrancs, encara que tan sols una dotzena aconsegueix una longitud superior als tres quilòmetres. L'origen d'aquestes formacions l'hem de cercar en la confluència de tres processos: l'acció excavadora de les aigües corrents, els moviments tectònics i les variacions del nivell del mar Mediterrani.

A més, són importants centres de nidificació d'aus aquàtiques i de rapinya, i algunes d'aquestes formacions tenen petits cursos d'aigua permanents o temporals.

Les coves
Menorca compta amb mig centenar de grutes terrestres i una desena de coves submarines que s'ubiquen a les zones nord i sud de l'illa.

La seva formació es deu a la filtració de l'aigua de pluja en terrenys calcaris i són llocs especialment interessants perquè, en molts casos, sobretot en el de les coves amb aigua marina sense connexió oberta al mar, hi han subsistit espècies animals que no es troben en cap altre medi.

Les zones humides
Les basses, les maresmes i les llacunes es reparteixen per tota l'illa i presenten una fauna i flora distintes. Entre les zones humides del litoral destaquen el parc natural de l'albufera des Grau (que compta amb itineraris per passejar atès el seu gran interès), Addaia, Son Saura i Son Bou. A aquestes zones humides, s'associen vuit sistemes dunars: a la cost nord, l'albufera des Grau, Son Saura, Tirant, Cavalleria, Pregonda, cala Pilar i la Vall; i a la costa sud, Son Bou.

En alguns d'ells, els cordons d'arena que es formen al costat de la costa poden penetrar fins a dos quilòmetres cap a l'interior de l'illa.

Un dels majors atractius que ofereix el litoral menorquí és un alt grau de conservació, al qual se suma l'interès d'una vegetació en què proliferen les espècies endèmiques, que es troben en major mesura en la zona nord. Destaquen distintes classes d'arbusts espinosos, que es coneixen amb el nom de socarrells, i també és corrent la màquia mediterrània. Respecte a la fauna que pobla les costes, són abundants les aus marines, com la baldritxa cendrosa, el corb marí i la gavina, a més de diverses rapaces.

Els illots
Diversos illots es distribueixen davant les costes de Menorca. Tots ells presenten un alt nivell de preservació, principalment gràcies a l'absència d'assentaments humans. El fet que l'ambient d'aquests illots hagi estat poc modificat, fa que hagin actuat com a refugi d'algunes espècies molt notables com la sargantana (Podarcis lilfordii), que abans vivia a l'illa principal i que avui només es pot trobar als illots costers. Altres habitants d'aquests illots són les importants poblacions de conills i cabres introduïdes per l'home.

D'altra banda, aquests illots actuen com a zones favorables per a l'assentament d'importants colònies d'aus marines. En aquest sentit és especialment notable la presència de colònies de baldritxes a l'illa de l'Aire i de gavines d'Audouin a l'illa dels Porros.

L'illa major de totes les que hi ha ala costa de Menorca, quasi 60 hectàrees, és l'illa d'en Colom, que està situada davant de la platja des Grau, dins dels límits del parc natural. Un altre illot important és l'illa de l'Aire, amb 34 hectàrees, en la qual s'ha instal·lat un far.

Els sistemes dunars
A Menorca trobam un total de vuit sistemes dunars ben desenvolupas -inclòs el de l'albufera des Grau-, dels quals set estan a la costa nord (es Grau, Son Saura, Tirant, Cavalleria, Pregonda, cala Pilar i la Vall) i tan sols un a la costa sud (Son Bou). A més, n'hi ha alguns altres de menors dimensions (arenal d'en Castell, Binimel·là, Mongofra, etc.). Aquests sistemes dunares són excepcionals a les Balears i a gran part del Mediterrani occidental pel fet que són cordons longitudinals, paral·lels a la direcció del vent dominant i independents a l'orientació de la línia de costa, a excepció del de Son Bou.

Quant a les espècies vegetals presents en aquests sistemes dunars destaquen: els lliris de mar (Pancratium maritimum), l'eringi marítim (Eryngium maritimum) i l'eufòrbia (Euphorbia paralias), totes elles amb una gran capacitat de retenció que genera els primers relleus dunars estables. La zona més interna del sistema dunar està ocupada per vegetació llenyosa, els primers arbustos que s'hi instal·len són les sivines (Juniperus phoenices), la llentrisca (Pistacia lentiscus) i l'aladern de fulla estreta (Phillyrea latifolia).

Platges
Les cales i platges presents al llarg de la costa baixa de l'illa de Menorca presenten unes aigües netes i cristal·lines que contrasten amb el color blanc de l'arena.

Aquests colors de l'aigua són deguts a les praderies de Posidònia oceànica, coneguda amb el nom d'alga. L'existència d'aquesta planta, tant a la zona submergida com a la platja, que forma acumulacions d'algues a la vorera, és considerada com el millor indicador del bon estat de conservació de les platges, el signe més clar i inequívoc del bon estat de les aigües i de la qualitat del litoral. D'altra banda, l'acumulació d'algues sobre la platja li dóna estabilitat i li subministra sediments que provenen de les zones submergides.

El color blanc d'aquestes platges és fruit de l'arribada de milers de restes calcàries de fauna que habita sobre les praderies de Posidònia oceànica. La fragmentació d'aquests organismes calcaris dóna una qualitat excel·lent a les nostres platges i els ofereix un tacte i una suavitat que agraeix l'usuari. Per tant, la conservació d'aquestes praderies de Posidònia oceànica és la base per a l'equilibri del nostre litoral.

Els penya-segats costers
El litoral rocós de Menorca és especialment important tant des del punt de vista paisatgístic com biològic, atès que alberga una vegetació molt rica en endemismes (espècies exclusives de la regió). Cal destacar les espècies arbustives amb forma de coixinet espinós, o socarrells. A l'illa hi ha sis espècies diferents de socarrells que han adoptat aquesta forma en un procés d'evolució adaptativa a les condicions ambientals adverses. Per dins els socarrells s'amaguen plantes petites i fràgils per defensar-se del vent i de la seva salinitat, i altres plantes se situen a sotavent dels socarrells aprofitant-los com a abric.

La resta del litoral menorquí està cobert per màquies mediterrànies denses i altes. Açò passa a la zona entre sa Punta Roja i ets Alocs, en la costa nord-occidental, on es troben els penya-segats més alts del litoral menorquí. Aquestes zones, a més, serveixen d'hàbitat a importants comunitats d'aus rapaces i marines.

Vegetació interior
El paisatge vegetal no agrícola de l'illa ocupa una extensió de 19.000 hectàrees. A Menorca hi ha tres grans tipus de vegetació arbòria: els alzinars, els pinars i els boscos d'ullastre.

L'alzinar només abunda a la part central de l'illa i en alguns barrancs. És un bosc dens i ombrívol de tipus perennifoli, dominat per l'alzina Quercus ilex, que li dóna nom. Aquests alzinars es caracteritzen per la presència d'espècies arbustives com l'arboç (Arbutus unedo), l'aladern (Rhamnus alaternus) i l'aladern de fulla estreta (Phillyrea latifolia). Alguns alzinars es caracteritzen per la presència, encara que poc abundant, d'un ciclamen.

Les comunitats d'ullastres, conegudes a l'illa com ullastrars, apareixen en zones de sòls poc profunds i massa secs per als alzinars; aquesta és la vegetació que predomina a la major part de l'illa. Són boscos baixos, ombrívols i densos, especialment rics en vegetació de boscam. Estes comunitats es poden presentar en forma de boscos independents o integrades en el paisatge formant pantalles al costat de les parets seques. La intercalació d'aquestes comunitats amb els camps de conreu és responsable de l'harmonia del paisatge agrícola menorquí i del seu atractiu estètic. Al seu torn, té una importància ecològica capital, ja que posa en contacte les zones cultivades amb les de vegetació natural.

Els pinars de pi blanc ocupen grans extensions del centre i del nord-oest de l'illa. Cal destacar l'existència d'una espècie de pi exclusiu de l'illa Pinus ceciliae, del qual només queda un petit reducte en la costa sud des Migjorn Gran.